El Nilo es una gran fuente de vida para el país.
Desde Idfu hasta El Cairo, el valle es de unos 23 km de ancho, con la mayor parte del terreno cultivable en la margen occidental. En la proximidad de El Cairo el valle se une con el delta, cuyo perímetro ocupa unos 250 km de la costa mediterránea. El limo que depositan los afluentes Rosetta (en árabe, Rashid), Damietta (en árabe, Dumyat) y otros más hacen del delta la región más fértil del país. Sin embargo, la presa de Asuán ha reducido el caudal del Nilo, causando que las aguas saladas del Mediterráneo penetren en el terreno a lo largo de la costa cercana a la desembocadura del Nilo.
Una serie de cuatro lagos poco profundos y salobres se extienden por la zona del delta en contacto con el mar. Otro gran lago, Birkat Qarun, se sitúa tierra adentro, en el desierto, al norte de la ciudad de Fayum. Geográfica y tradicionalmente, el valle del Nilo se divide en dos regiones, el Bajo Egipto y el Alto Egipto. El primero se compone del territorio que rodea al delta, y el segundo del valle al sur de El Cairo.